Natação foi introduzida no clube antes mesmo da inauguração do departamento, que só aconteceu em 1921.Considerado um dos esportes mais fortes do Flamengo.

Na década de 90, por exemplo, grandiosos nomes da natação brasileira passaram pelo clube da gávea. A equipe de natação do clube era muito forte e o Flamengo conquistou todos os campeonatos cariocas de 1991 à 1998, além do Troféu Brasil de 2001, e os circuitos cariocas absolutos em 1993 (Masculino e Feminino) e 1999 (masculino).

As piscinas do clube já foram lar de lendas do esporte nacional, como Fernando Scherer, Ricardo Prado, Rômulo Arantes, Rômulo Arantes Filho, Luiz Lima, Maria Lenk, Patrícia Amorim, Inge de Brujin e Mariana Brochado.

Em 2010, com a gestão da já presidente Patricia Amorim, a natação do Flamengo voltou a repatriar seus atletas e fechou o maior e melhor contrato da modalidade olímpica. No dia 31 de março, o campeão mundial e olímpico Cesar Cielo passou a representar o Rubro-Negro. 

Com a unificação dos títulos nos 50m e 100m livre (piscina curta e longa), Cesar Cielo foi um dos principais destaques da Copa do Mundo de Natação e do Mundial de Dubai. Em Dubai, nos Emirados Árabes, a última grande competição do velocista em 2010, o nadador comprovou seu potencial ao conquistar duas medalhas de ouro, com direito à recorde de campeonato, e uma de bronze, no revezamento 4x100m medley. 

Cesar Cielo é o primeiro brasileiro na história da natação a unificar os títulos mundiais dos 50m e 100m livre.